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論文(リポジトリ)

論文(リポジトリ)
木下, 直彦 ; 山本, 格
出版情報: 新潟医学会雑誌 — 新潟医学会雑誌.  129  pp.180-186,  2015-04.  新潟医学会
本文リンク: http://hdl.handle.net/10191/44052
概要: 【はじめに】抗体はバイオ分野の実験において重要な研究ツールのひとつである. しかし, 一つの抗原に対して複数の抗体が作製, 販売されていることも多く, 研究者は抗体の選定や判断に困難をきたしている. そこで, 論文内, 特に英語論文からタン パク質に対する抗体情報を取得するための検索モデルを作成し, モデルに基づいた抗体情報自動検索ツールを作成し, その性能を検証した. 【材料と方法】初めに英語論文の中から, 抗原としてのタンパク質名および, 製造会社が記載されている語の出現位置をリスト化した. その後, 製造会社の出現位置を限界点とする区間を設定し, その区間を終点限界点に位置する会社のメタデータ空間と定め, メタデータ空間内にあるタンパク質名を抗原とする抗体 - 製造会社の関係性を取得する抗体情報検索モデルを作成した. その後, UniProt のタンパク質データベースを用い, 自動的に抗原となるタンパク質を検索/検出し, 製造会社と関連付け, リポジトリ化する抗体情報自動検索ツールを作成し, その性能の検証を行った. 【結果】抗体情報検索モデルの検証を行ったところ, 適合率100%, 再現率99.0%, F値99.5%という結果であった. 次に, 抗体情報検索ツールの性能の検証を行ったところ, 適合率は100%であったが, 再現率が39.8%と大きく減少し, 結果としてF値は56.9%と著しい信頼度の低下が見られた. そこで, その原因を調査したところ, 抗体情報が取得できなかった原因の75.8%は, 動物種が異なる同名タンパク質が UniProt データベースに登録されていたため, タンパク質を特定できなかったものであった. そのため, データベースを動物種別に再構築し, 再度検証を行ったところ, 再現率は79.6%まで上昇し, F値も88.6%という高い信頼率となった. 【考察】今回の抗体情報検索モデルについてはF値が99.5%という高い信頼性を示したため, このモデルは抗体情報取得に有効であると考えられた. また, 抗体情報検索ツールでは, 当初再現率が39.8%と, 著しい低下がみられたが, 動物種ごとにタンパク質データセットを編成し, 再検証した結果, 再現率が79.6%まで上昇し, F値も88.6%という信頼率まで改善された. また, 再構築後の抗体情報検索ツールについて, 論文別の信頼度調査を行ったところ, F値が0.8以上の論文が全体の80.9%を占めたことから, 本研究で作成した抗体情報検索ツールは, 研究者が抗体選定する際に有用であると考えられた. 今後この仕組みを改良/発展させることで, さらに多くの研究者に有用な抗体情報検索ツールを構築してゆきたいと考えている. 続きを見る
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論文(リポジトリ)

論文(リポジトリ)
星, 和夫
出版情報: 薬学図書館 — 薬学図書館.  47  pp.6-11,  2002-01.  日本薬学図書館協議会
本文リンク: http://hdl.handle.net/10191/5702